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中國研究團隊:雲南發現新冠狀病毒 證「基因插入」可天然發生 武肺病毒非人工製

2020/5/14 — 17:12

引致武漢肺炎 (COVID-19) 的冠狀病毒 SARS-CoV-2 起源、如何演化出感染人類的能力一直備受學界注視。據現時的數據, SARS-CoV-2 極有可能源自蝙蝠,並在中間宿主對其健康無影響地傳播,最終人類接觸這些中間宿主感染病毒。

中國一研究團隊在 Current Biology  發表最新的研究結果,指可進一步證明此說法。研究發現蝙蝠身上有 SARS-CoV-2 近親,而這近親同樣出現類似的病毒基因組外來基因插入 (insertion) ,顯示這種突變可天然存在與發生。

領導研究的山東第一醫科大學微生物學家史偉峰指,自 SARS-CoV-2 被發現以來,已有很多人無根據地指病毒來自實驗室,尤其有人提出 S1/S2 基因插入非常不尋常,認為這是病毒由實驗室製造的證據。不過,報告非常清楚表明,基因插入可自然在野生環境下出現,強烈否定病毒從實驗室洩漏的說法。

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團隊發現的全新蝙蝠冠狀病毒被命名為 RmYN02 ,於 2019 年下半年在分析雲南省捕捉的 227 隻蝙蝠 302 個樣本後找到。團隊亦在分析同一中華菊頭蝠 (Rhinolophus malayanus) 樣本中,發現兩個幾乎完整的冠狀病毒基因組 RmYN01 和 RmYN02 。

RmYN01 與 SARS-CoV-2 相似度較低,整體基因排序 (sequence) 僅與後者有 79.7% 相似度,但 RmYN02 則有 96.9% 相似度而該冠狀病毒與 SARS-CoV-2 有 93.3% 的基因組 (genome) 一樣,雖與另一雲南蝙蝠冠狀病毒病毒株 RaTG13 與 SARS-CoV-2 基因組有 96.1% 一樣的比率為低,但 RmYN02 在稱為 1ab 的基因上新發現病毒卻與 SARS-CoV-2 有 97.2% 相似,是迄今已知最接近的 1ab 基因相似度。 1ab 與病毒複製有關。

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此外, RmYN02 在其刺突蛋白的兩個亞基 (subunit) S1 和 S2 相遇的位置包含氨基酸插入。 SARS-CoV-2 亦具有這種 S1/S2 插入,但插入的氨基酸並不一樣,表明插入可自然發生,不需要透過人類實驗室研究造成。

雖然 RmYN02 與 SARS-CoV-2 有高相似度,但不代表 RmYN02 是後者的直接祖先,因為很多最重要的受體結合域基因 RmYN02 只與 SARS-CoV-2 有 61.3% 相似度。然而,發現仍可幫助學界了解 SARS-CoV-2 為何演變成大流行疾病的病原體。

團隊重申,蝙蝠特別是菊頭蝠 (Rhinolophus) 是冠狀病毒的重要天然存庫 (reservoir) ,且會蘊藏 SARS-CoV-2 的近親。史偉峰也強調, RaTG13 和 RmYN02 都不是 SARS-CoV-2 的直接祖先,它們之間仍然存在演化鴻溝,野生生態中可能有更多更似 SARS-CoV-2 的近親未被發現。

來源:
Science Alert, Researchers Find Another Virus in Bats That's Closely Related to SARS-CoV-2, 12 May 2020

報告:
Zhou, H., Chen, X., Hu, T. & et al. (2020). A novel bat coronavirus closely related to SARS-CoV-2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein. Current Biology published online 11 May 2020. doi: 10.1016/j.cub.2020.05.023

文/Alan Chiu

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