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【武漢肺炎】袁國勇團隊證第三波疫情由輸入個案引爆 形成兩本地病毒獨特群組

2020/8/10 — 18:09

袁國勇

袁國勇

香港近日爆發第三波疫情,袁國勇研究隊伍發現此波爆發的武漢肺炎病毒 SARS-CoV-2 病毒種系發生群 (phylogenetic cluster) 與首兩波發現的不同。研究已刊於 Clinical Infectious Diseases

病毒會在演化期間出現不同變異,透過追查病毒種系發生學,找出基因相似度,再將其分類為不同的族群,即病毒種系發生群,可由此追尋病毒源頭。研究隊伍分析了三波疫情收集到的 116 個基因圖譜樣本,當中 24 個來自首波、42 個來自第二波,50 個來自第三波。一如團隊所料,首波疫情的基因圖譜中,未有發現現在流行全球的 D614G 病毒株,但在第二波疫情樣本中,則有 73.8% 出現 D614G 變異;第三波疫情則有點分別,除發現 D614G 外,同時也發現之前未見的變異組合,並由此分類出兩個種系發生群 HK1 及 HK2,其中大部份個案為 HK1 。因此,研究人員認為第三波疫情未必是由第一、二波的隱形帶病毒者所觸發。

雖然種系發生學 (phylogenetically) 上發現 29 個本地樣本都有 5 個獨特、且未能在全球病毒基因資料庫 (GISAID) 發現的基因變異,他們也留意到此批樣本與菲律賓 4 個輸入個案最相似,但未能從中發現當中至少 2 種獨有的異變,因而將其分類為獨立的  HK1 病毒種系發生群。除 HK1 外,研究人只也發現另一種系發生群,並將其命名為 HK2 。HK2 則有 3 個獨特異變 (A19702G、T22020C 及 C282) ,種系發生學上與哈薩克斯坦個案最相似,但哈薩克斯坦的病毒中,並沒存有 HK2 獨有的 C28269T 變異。

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由此,研究人員推斷本地個案與菲律賓及哈薩克斯坦兩地個案之間可能存在演化史空缺,需進一步找出香港爆發的源頭。

研究隊伍認為,香港疫情突然再爆發有多個因素,包括社交聚會增加、較和暖、潮濕氣候以及病毒株 HK1 的存活率及傳播能力或較好等。研究隊伍指,邊境源頭控制對於阻截輸入個案極為重要,再加上病毒可經少病徵或無病徵者上散播,社區距離及口罩就更為重要。

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報告:
To, K.K-W., Chan, W-M., Ip, J.D., Chu, A, W-H., Tam, A.R., Liu, R., ... & Yuen, K. Y. (2020). Unique SARS-CoV-2 clusters causing a large COVID-19 outbreak in Hong Kong. Clinical Infectious Diseases, ciaa1119, DOI: 10.1093/cid/ciaa1119

文/Edward Ho

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