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雲南蝙蝠再發現全新冠狀病毒 94.5% 基因與武肺病毒相同

雖然武漢肺炎 (COVID-19) 疫情至今已逾一年,但對於致病冠狀病毒 SARS-CoV-2 的演化起源依然未明。上周上載至預印期刊 bioRxiv 的中國研究指,雲南省一個相對小的範圍內抽查到的蝙蝠樣本發現,至少有 4 個全新發現的病毒。其中一個稱為 RpYN06 的冠狀病毒,其全基因組排序更與 SARS-CoV-2 (即武漢肺炎病毒)有 94.5% 一樣。

山東第一醫科大學公共醫學院院長史衛峰的團隊在 2019 年 5 月至 2020 年 11 月間,於雲南省一個約 1,100 公頃,即相當於 1.7 個油尖旺區的區域,收集的 23 種蝙蝠共 411 個糞便、尿液樣本以及口拭子樣本。

團隊最終從樣本測序出 24 個冠狀病毒完整基因組,其中 7 組是最新發現的病毒完整基因組,4 個是與 SARS-CoV-2  (即武漢肺炎病毒)密切相關的全新病毒,以及 3 個與 2003 年造成沙士疫情的 SARS-CoV 相關病毒。當中團隊從小菊頭蝠 (Rhinolophus pusillus) 分離出的病毒樣本,含冠狀病毒 RpYN06 ,其全基因組排序更與 SARS-CoV-2 有 94.5% 一樣,是現時已知第二接近 SARS-CoV-2 的病毒。

不過, RpYN06 在多個基因,包括 ORF1ab 、 ORF7a 、 ORF8 、 N 與 ORF10 均為已知最接近 SARS-CoV-2 的版本。此前已知最接近 SARS-CoV-2 的是 RaTG13 ,與前者基因組有 96.1% ,同樣在雲南被發現

另外 3 種與 SARS-CoV-2 相關的冠狀病毒基因序列幾乎相同,並且與先前在中國廣西穿山甲中鑑定出的非常密切,但在用以感染的刺突蛋白基因序列不同。

團隊又指,在這批蝙蝠樣本中確定 17 個甲型冠狀病毒屬基因組,該屬主要會造成豬傳染性胃腸炎,亦有部份會造成人類感冒。

研究表明,蝙蝠所帶的冠狀病毒在雲南有顯著多樣性與高度流行,而生態模型亦估計,東南亞和中國南部最多有 23 種菊頭蝠科品種共存,其中最大的棲息熱點從南老撾和越南一直延伸到中國南部。此地區相信有大量與 SARS-CoV-2 和 SARS-CoV 有親緣關係的冠狀病毒存在,將有助確定 SARS-CoV-2 和其他致病性冠狀病毒的起源。

港大團隊早前也首次發現一種與 MERS-CoV 相關的蝙蝠冠狀病毒可在人類結腸腺癌細胞有效複製,即蝙蝠冠狀病毒有能力跳過中間宿主,直接感染人類,或會造成另一次冠狀病毒疫情大爆發。

來源:
Nature, COVID research updates: A small piece of land yields bats with a trove of new coronaviruses, 12 March 2021

報告:
Zhou, H., Ji, J.K., Chen, X. & et al. (2021). Identification of novel bat coronaviruses sheds light on the evolutionary origins of SARS-CoV-2 and related viruses. bioRxiv 2021.03.08.434390. doi: 10.1101/2021.03.08.434390

文/Alan Chiu

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